Pilihan Raya Umum Malaysia 1999 merupakan kali pertama di Malaysia yang mana sebuah parti campuran pembangkang telah ditubuhkan untuk mewujudkan sebuah sistem politik dwiparti bagi tujuan menentang keunggulan Barisan Nasional yang telah memerintah secara berterusan sejak kemerdekaan. Digelarkan Barisan Alternatif (BA), parti campuran ini terdiri daripada Parti Islam SeMalaysia (PAS), Parti Tindakan Demokratik (DAP), dan Parti Keadilan.

Parti Keadilan telah ditubuhkan oleh Datin Seri Dr. Wan Azizah Wan Ismail pada 4 April 1999, selepas suaminya, bekas Timbalan Perdana Menteri Anwar Ibrahim, telah ditahan oleh pihak polis atas tuduhan-tuduhan yang dianggap secara meluas sebagai ditimbulkan oleh alasan politik dan pertentangan pendapat antara Perdana Menteri Datuk Seri Dr Mahathir Mohammad dengan timbalannya.

Dengan sentimen-sentimen anti-Mahathir yang amat kuat ketika itu, khususnya di kalangan orang-orang Melayu, pilihan raya ini memberikan peluang yang terbaik untuk parti-parti pembangkang menafikan Barisan Nasional satu majoriti dua pertiga dalam Dewan Rakyat, jika bukan untuk mengambil alih kerajaan Malaysia. Selain itu, BA sebagai satu kumpulan pembangkang yang padu jelas merupakan satu kuasa yang lebih sukar diatasi berbanding pilihanraya-pilihanraya yang lalu: kepaduan BA membolehkannya untuk menentang BN dalam satu pertandingan satu lawan satu antara dua parti. Ini bermakna bahawa BN tidak boleh mengharapkan undi perpecahan antara pesaing-pesaing pembangkang yang sering berlaku pada masa dahulu. Oleh itu, Pilihan Raya Umum Malaysia 1999 bukannya satu pilihan raya biasa yang mana keputusannya merupakan sesuatu yang sudah pasti seperti dahulu.

Bagaimanapun, ideologi-ideologi yang bertentangan sama sekali antara parti-parti komponen BA, khususnya antara PAS dan DAP, telah mengakibatkan pertikaian-pertikaian dalam Barisan Alternatif yang mengurangkan keberkesanan parti campuran pembangkang ini. Oleh sebab PAS merupakan "Abang" dalam parti campuran ini, parti ini telah berjaya untuk memaksakan manisfesto partinya yang menegaskan pembentukan sebuah negara Islam untuk dijadikan manisfesto Barisan Alternatif.

Akhirnya, keputusan pilihan raya 1999 hanya merupakan satu lagi pengulangan keputusan dari segi bahawa Barisan Nasional masih membentuk kerajaan dan parti-parti pembangkang kekal merupakan parti pembangkang.